细菌转录组测序是在实验中通过去除总RNA的核糖体后进行转录组测序，该实验除了发现基因的差异表达之外，还可以对物种的基因组进行重新的注释，包括鉴定新基因，sRNA(还包括Ribo-switch)，anti-sense RNA，5’UTR，4’UTR,operon等。
我们采用链特异性测序文库，在进行细菌转录组测序研究中，相对于传统的非链特异性文库，不仅可以更准确的计算基因的表达量，同时可以特异性地发现更多的antisense ncRNA。
|
Mapper RNAs Type |
普通测序文库 |
TK链特异性文库 |
|
Clean reads |
21829406 |
24122016 |
|
Matched genome |
20737935 |
22920740 |
|
Matched genome(%)a |
95.00% |
95.02% |
|
protein-coding genes(sense)b |
46.06% |
89.09% |
|
protein-coding genes(antisense)b |
46.03% |
2.05% |
|
ribosomal RNAs(sense)b |
2.86% |
2.29% |
|
ribosomal RNAs(antisense)b |
0.00% |
0.00% |
|
transfer RNAs(sense)b |
0.00% |
0.00% |
|
transfer RNAs(antisense)b |
0.00% |
0.00% |
|
miscellaneous RNAs(sense)b |
1.50% |
1.50% |
|
miscellaneous RNAs(antisense)b |
0.00% |
0.00% |
|
unannotatedb |
2.54% |
3.57% |
（一）样品类型
1. 总RNA；样品浓度：≥250 ng/ul；样品总量：>10ug；样品纯度： OD260/280为1.8~2.2，OD260/230≥1.0，260nm处有正常峰值。RNA完整性： 电泳检测28S/18S≥1.5。
2. 组织：样品取样后立即液氮速冻，保存于液氮或超低温冰箱中。请尽量使用新制备的样品且样品量至少满足3次以上提取；
（二）样本运输
1. 总RNA样品请溶于RNase-free H2O或乙醇中，置于1.5 ml RNase-free离心管中，管上注明样品名称、浓度以及制备时间，管口使用Parafilm封口，干冰运输；
2.菌体取样后置于冻存管中并标注，使用足量的干冰运输，并且尽量选用较快的邮递方式，以降低运输过程中样品降解的可能性。
1、A Mur regulator protein in the extremophilic bacterium Deinococcus radiodurans. Ul Hussain Shah AM, Zhao Y, Wang Y, Yan G, Zhang Q, Wang L, Tian B, Chen H, Hua Y. PLoS One. 2014 Sep 22;9(9):e106341.
2、Global transcriptional response of Acinetobacter baumannii to a subinhibitory concentration of tigecycline. Hua X, Chen Q, Li X, Yu Y. Int J Antimicrob Agents. 2014 Oct;44(4):337-44.
3、Effect of intracellular expression of antimicrobial peptide LL-37 on growth of escherichia coli strain TOP10 under aerobic and anaerobic conditions. Liu W, Dong SL, Xu F, Wang XQ, Withers TR, Yu HD, Wang X. Antimicrob Agents Chemother. 2013 Oct;57(10):4707-16.
