微生物广泛存在于自然界中，与人类的生产和生活息息相关。微生物生物多样性丰富，基因组具有相对较小、重复序列较高、易于突变等特点，因此很必要对微生物进行全基因组测序，而且同动植物相比较在时间和成本上也容易实现。目前，全基因组测序成为微生物遗传进化、疾病预防控制、生物工程技术等方面重要的研究和开发手段。众所周知，基因组测序最主要的难度在于基因组的重复序列和GC偏移。微生物基因组测序的完成图（完成图要求完整基因组序列，单碱基错误率低于十万分之一，gap数不超过5个）主要有两条技术路线：第一条是以二代测序（Matepair测序文库，插入片段3Kb）配合一代测序完成，一代测序主要用于gap的填补；第二条是以三代测序为主配合二代测序。第一条技术路线往往会GC偏移的影响，同时3Kb插入片段有时不够横跨重复区域而导致测序结果的不理想，从而增加了测序费用和延长了测序时间。

1. 基因组组分分析：编码基因预测和注释、功能分类；重复序列预测；非编码RNA注释，包括tRNA，rRNA，sRNA等；

2. 基因岛预测：行使相同功能的基因聚集成簇，包括毒力岛、抗性岛、抗生素岛等；

3. 前噬菌体：可整合进基因组的噬菌体序列，常会带来功能基因；

4. CRISPR：与细菌免疫相关，抵御外来DNA序列；

5. 假基因分析：一般是进化过程中失活的基因冗余拷贝；

6. 进化分析。

图：前噬菌体预测

　　本平台采用的是第二条技术路线，单分子测序（第三代测序技术）平均读长达到10Kb，基本可以不受重复序列的影响，同时它的建库无需PCR过程以及测序原理的原因帮助它又很好的克服了GC偏移的影响。三代测序结合二代测序大大提高了测序的效率，基本可在60个工作日内获得完成图已经相关的信息分析。

（一）样品类型

　　1. DNA；样品浓度：≥50 ng/ul；样品总量：>30ug；样品纯度： OD260/280为1.8~2.2，OD260/230≥1.0。

　　2. 菌体取样后置于冻存管中并标注，立即液氮速冻，保存于超低温冰箱中。请尽量使用新制备的样品且样品量至少满足3次以上提取。

（二）样本运输

　　1.DNA样品置于1.5 ml RNase-free离心管中，管上注明样品名称、浓度以及制备时间，管口使用Parafilm封口，干冰运输；

　　2.菌体取样后置于冻存管中并标注，使用足量的干冰运输，并且尽量选用较快的邮递方式，以降低运输过程中样品降解的可能性。

1、Multidrug-Resistant Acinetobacter baumannii Strain MDR-ZJ06 Widely Spread in China. Hua Zhou, Tongwu Zhang, Dongliang Yu, Borui Pi, Qing Yang, Jianying Zhou, Songnian Hu and Yunsong Yu. Antimicrob. Agents Chemother. 2011, 55(10):4506.

2、Alliance of Proteomics and Genomics to Unravel the Specificities of Sahara Bacterium Deinococcus deserti. Arjan de Groot, Re´mi Dulermo, Philippe Ortet, Laurence Blanchard, Philippe Gue´ rin, Bernard Fernandez, Benoit Vacherie, Carole Dossat, Edmond Jolivet, Patricia Siguier, Michael Chandler, Mohamed Barakat, Alain Dedieu, Vale´ rie Barbe, Thierry Heulin, Suzanne Sommer, Wafa Achouak, Jean Armengaud. 2009, PLoS Genet 5(3): e1000434.