鉴定microRNA（miRNA）调控的靶基因是阐释miRNA复杂调控机制的关键。在生物体内，miRNA除了抑制mRNA的翻译外，也会诱导mRNA被剪切降解，从而调控基因表达，发挥生物学功能。相比于动物，在植物中miRNA诱导基因剪切降解的方式会更为普遍。降解组测序（Degradome Sequencing）主要针对miRNA介导的剪切降解片段进行深度测序，从实验中筛选miRNA作用的靶基因，并结合生物信息学分析优势，确定降解片段与miRNA精确的配对信息。该技术既摆脱了仅利用生物信息学预测靶基因带来的高假阳性，又避免了常规靶基因鉴定手段（如5’ RACE）低通量耗时耗力的不足，显著促进了miRNA的功能研究。且能从细胞或组织中准确高效地筛选出miRNA的靶基因，为研究miRNA与其对应的靶基因的相互关系提供准确、高效的筛选手段。

1. 质检文件：样本质检报告和质控报告；

2. 测序数据质量评估；

3. 鉴定mRNA降解片段；

4. 降解组密度文件（Degradome Density File）的生成；

5. miRNA靶基因生物信息学预测；

6. miRNA靶基因的实验性确认；

7. t-plot构建；

8. 多样本的miRNA靶基因的比较分析（两个及以上样本有此分析内容）。

1. 高通量：一次测序可鉴定得到1千万条以上的miRNA作用的靶基因序列信息，可充分覆盖该物种中的所有mRNA降解片段；

2. 高准确性：可实现从几个到几十万个拷贝的精确计数，提供Q30以上数据，确保数据分析的准确性；

3. 高分辨率：可精确检测到单碱基差异；

4. 重复性好：深度测序保证了检测的随机性，背景噪音低，不需要技术的重复；

5. 全方位服务：提供miRNA鉴定、靶基因筛选等研究的一站式解决方案。

（一）样品类型

　　1. 总RNA：样品浓度≥200 ng/µl，样品总量≥30 µg；样品纯度： OD260/280为1.8~2.2，OD260/230≥1.0，260 nm处有正常峰值。RNA完整性： 电泳检测28S/18S≥1.5。

　　2. 组织：植物组织样品取样后用锡箔纸包裹并标注，立即液氮速冻，保存于液氮或超低温冰箱中；动物组织、细胞或菌体取样后置于冻存管中并标注，立即液氮速冻，保存于液氮或超低温冰箱中。请尽量使用新制备的样品且样品量至少满足3次以上提取（普通样品0.6g以上，RNA含量少的花、果实等组织需要加量送）；

（二）样本运输

　　1. 总RNA样品请溶于RNase-free H2O或乙醇中，置于1.5 ml RNase-free离心管中，管上注明样品名称、浓度以及制备时间，管口使用Parafilm封口，干冰运输；

　　2. 植物组织、动物组织、细胞或菌体取样后置于冻存管中并标注，使用足量的干冰运输，并且尽量选用较快的邮递方式，以降低运输过程中样品降解的可能性。

1、Zhao Y, Xu Z, Mo Q, et al. Combined small RNA and degradome sequencing reveals novel miRNAs and their targets in response to low nitrate availability in maize. Annals of Botany. 2013, 112 (3): 633-642.

2、Genome-wide identification of viral and host transcripts targeted by viral siRNAs in Vitis vinifera.Miozzi L, Gambino G, Burqyan J, Pantaleo V. Mol Plant Pathol. 2013 Jan; 14(1):30-43.