长链非编码RNAs（long non-coding RNAs，lncRNAs）是一类转录本长度超过 200 nt的 RNA分子，位于细胞核内或胞浆中，不参与蛋白质编码功能，以RNA形式在多种层面上（表观遗传调控、转录调控以及转录后调控等）调控基因的表达水平，在生命活动中具有重要作用。近年来的研究表明，lncRNA 参与了 X 染色体沉默，基因组印记以及染色质修饰，转录激活，转录干扰，核内运输等多种重要的调控过程，lncRNA的调控作用也开始引起人们广泛的关注。哺乳动物基因组序列中 4%~9%的序列产生的转录本是 lncRNA（相应的蛋白编码 RNA的比例是 1%），虽然近年来关于 lncRNA的研究进展迅猛，但是绝大部分的 lncRNA的功能仍然是不清楚的。目前高通量研究 lncRNA的主要手段是微阵列芯片技术以及基于 RNA-Seq的高通量测序技术。微阵列技术目前主要只是基于已有序列开展研究工作，而 RNA-Seq技术可针对全部全转录本开展研究，一次性可获得样本中几乎全部的 lncRNAs信息，对lncRNAs的类别、功能进行全方位的深入分析。

1. 质检文件：样本质检报告和质控报告；

2. 测序数据质量评估与处理；

3. 数据拼接与组装；

4. 鉴定已知LncRNA和mRNA，筛选新的LncRNA和mRNA；

5. 组间差异LncRNA和mRNA筛选；

6. 差异lncRNA与mRNA共表达网络分析；

7. 差异lncRNA和mRNA的GO注释；

8. 差异lncRNA和mRNA的Pathway代谢通路注释；

9. 差异lncRNA-mRNA的GO富集分析；

10. 差异lncRNA-mRNA的Pathway富集分析。

1. 性价比高：最少量样品，一次测序得到数百万条序列，单次运行可经济分析多个样品；

2. 文库优化：采用核糖体去除和链特异性文库构建方案，保留了完整的lncRNA和mRNA序列，以及序列方向性。

2. 分析结果严谨且全面：系统收集lncRNA数据库用于鉴定已知lncRNA，并设置严格的筛选条件用于发现新lncRNA。除已知序列信息的lncRNA，还可预测和研究潜在的lncRNA分子；

3. 灵敏度高：数字化信号，灵敏度高，可以准确检测到痕量表达的lncRNA；

4. 数据量产出大：可一次性获得样本中几乎所有的lncRNA信息，有利于提高后续分析结果的准确性和全面性；

5. 重复性最好，背景噪音最低，精确度最高。

（一）样品类型

　　1. 总RNA：样品浓度≥200 ng/µl，样品总量≥10 µg；样品纯度： OD260/280为1.8~2.2，OD260/230≥1.0，260 nm处有正常峰值。RNA完整性： 电泳检测28S/18S≥1.5。

　　2. 组织：植物组织样品取样后用锡箔纸包裹并标注，立即液氮速冻，保存于液氮或超低温冰箱中；动物组织、细胞或菌体取样后置于冻存管中并标注，立即液氮速冻，保存于液氮或超低温冰箱中。请尽量使用新制备的样品且样品量至少满足3次以上提取（普通样品0.6 g以上，RNA含量少的花、果实等组织需要加量送）；

（二）样本运输

　　1. 总RNA样品请溶于RNase-free H2O或乙醇中，置于1.5 ml RNase-free离心管中，管上注明样品名称、浓度以及制备时间，管口使用Parafilm封口，干冰运输；

　　2. 植物组织、动物组织、细胞或菌体取样后置于冻存管中并标注，使用足量的干冰运输，并且尽量选用较快的邮递方式，以降低运输过程中样品降解的可能性。

1. Long Intergenic Non-Coding RNAs (LincRNAs) Identified by RNA-Seq in Breast Cancer. Xianfeng Ding*, Limin Zhu, Ting Ji, Xiping Zhang, Fengmei Wang, Shaoju Gan, Ming Zhao,Hongjian Yang*.Plos one.2014 Aug 1;9(8):e103270.

2. Yang X. et al. Long non-coding RNA HNF1A-AS1 regulates proliferation and migration in oesophageal adenocarcinoma cells.Gut. 2013 Sep 2. doi: 10.1136/gutjnl-2013-305266.