广义上指某一生理条件下，细胞内所有转录产物的集合。转录组是连接基因组遗传信息与生物功能的蛋白质组的必然纽带，转录水平的调控是目前研究最多的，也是生物体最重要的调控方式。转录组测序可以得到特定条件下所有mRNA转录本的丰度信息，从而发现新的转录本和可变剪接体。利用illumina大规模测定mRNA序列获得转录本信息，该技术具有通量高、覆盖广、精度高的特点。

（一）无参考基因组序列的转录组生物信息学分析主要包括：

1. 测序数据产量统计、数据成分和质量评估；

2. 采用RNA-seq软件重建转录子；

3. Contig和Scaffold长度分析；

4. Unigene长度分部，功能注释，功能分类（GO，COG，KEGG），代谢通路分析；

5. 分析不同样本间的存在差异表达的基因统计；

6. 差异基因的代谢通路富集分析（GO，COG，KEGG）。

（二）有参考基因组序列的转录组生物信息学分析主要包括：

1. 测序数据产量统计、数据成分和质量评估；

2. 分析不同样本间的存在差异表达的基因；

3. 差异基因的代谢通路富集分析（GO，COG，KEGG）；

4.可以在全基因组范围内检测存在的可变剪切现象；

5. LncRNA分析；

6. SNP分析等；

7. SSR分析；

8. 融合基因分析（可选）。

1. 数字化信号：直接测定每个转录本片段序列，分辨率可达单个核苷酸（SNP），同时不存在传统微阵列杂交的荧光模拟信号带来的交叉反应和背景噪音问题；

2. 高灵敏度：能够检测到细胞中少至几个拷贝的稀有转录本；

3. 任意物种的全基因组分析：无需预先设计特异性探针，因此无需了解物种基因信息，能够直接对任何物种进行转录组分析；

4. 更广的检测范围：高于6 个数量级的动态检测范围，能够同时鉴定和定量稀有转录本和共有转录本。

5. 我们采用链特异性文库，为研究者提供更准确的基因表达信息。

（一）样品类型

　　1. 总RNA；样品浓度：≥250 ng/ul；样品总量：>6ug(真核生物)；>10ug（原核生物）样品纯度： OD260/280为1.8~2.2，OD260/230≥1.0，260nm处有正常峰值。RNA完整性： 电泳检测28S/18S≥1.5。

　　2. 组织：植物组织样品取样后用锡箔纸包裹并标注，立即液氮速冻，保存于液氮或超低温冰箱中；动物组织、细胞或菌体取样后置于冻存管中并标注，立即液氮速冻，保存于液氮或超低温冰箱中。请尽量使用新制备的样品且样品量至少满足3次以上提取（普通样品0.6g以上，RNA含量少的花、果实等组织需要加量送）；

（二）样本运输

　　1. 总RNA样品请溶于RNase-free H2O或乙醇中，置于1.5 ml RNase-free离心管中，管上注明样品名称、浓度以及制备时间，管口使用Parafilm封口，干冰运输；

　　2. 植物组织、动物组织、细胞或菌体取样后置于冻存管中并标注，使用足量的干冰运输，并且尽量选用较快的邮递方式，以降低运输过程中样品降解的可能性。

1、Transcriptome and expression profiling analysis of the hemocytes reveals a large number of immune-related genes in mud crab Scylla paramamosain during Vibrio parahaemolyticus infection. Xie C, Chen Y, Sun W, Ding J, Zhou L, Wang S, Wang S, Zhang Y, Zhu D, Wen X, Hu S, Li S.
PLoS One. 2014, 9(12):e114500.

2、Genome sequence of the date palm Phoenix dactylifera L. Al-Mssallem IS, Hu S, Zhang X, Lin Q, Liu W, Tan J, Yu X, Liu J, Pan L, Zhang T, Yin Y, Xin C, Wu H, Zhang G, Ba Abdullah MM, Huang D, Fang Y, Alnakhli YO, Jia S, Yin A, Alhuzimi EM, Alsaihati BA, Al-Owayyed SA, Zhao D, Zhang S, Al-Otaibi NA, Sun G, Majrashi MA, Li F, Tala, Wang J, Yun Q, Alnassar NA, Wang L, Yang M, Al-Jelaify RF, Liu K, Gao S, Chen K, Alkhaldi SR, Liu G, Zhang M, Guo H, Yu J. Nat Commun. 2013;4:2274. doi: 10.1038/ncomms3274.