与基因从头测序不同，全基因组重测序是在已有物种参考基因组序列的基础上，对该物种的个体进行基因组测序，并和参考序列做比较，进行个体或者群体的差异分析。可以获得单核苷酸多态性（SNP）、插入缺失（INDEL）以及结构变异（SV）等信息，实现遗传进化分析以及重要性状候选基因的预测，对动植物育种以及人类疾病的研究具有重大的指导意义和产业价值。
推荐SNP变异检测测序深度在5X以上，SV检测测序深度在10X以上。
1.样品类型：基因组DNA；
2.样品浓度：≥100 ng/ul；
3.样品总量：≥30 ug；单次文库制备用量分别为10ug，为保证实验的顺利进行，因此需保证样品总量大于3次以上的建库用量（不包括样品检测损耗）；
4.样品纯度：OD260/280为1.8~2.2；
5.电泳要求：主带清晰，无降解或轻度降解。（距送样日最近的电泳结果）
样品保存与运输
1. 基因组DNA样品请仔细纯化，尽量避免污染，并请将所送样品保留备份；DNA样品置于1.5 ml无菌离心管中，管上注明样品名称、浓度以及制备时间，管口使用Parafilm封口；
2. 植物组织样品请尽量选用幼嫩新鲜的，取样后用锡箔纸包裹并标注，立即液氮速冻，保存于液氮或超低温冰箱中。动物组织、细胞或菌体取样后置于冻存管中并标注，立即液氮速冻，保存于液氮或超低温冰箱中。请尽量使用新制备的样品；
3. 请将所有样品集中置于管、盒或袋中，以免散装导致样品的丢失。在运输过程中，最好放在干冰中，时间不要超过72小时，如果利用冰袋运输，则时间最好不要超 过24小时，尽量选用较快的邮递方式，以降低运输过程中样品降解的可能性。如果条件许可，可在邮寄的箱子上下添加部分棉花，以保证尽量隔绝热量的传递。
1.基因组denovo测序是研究的基础，重测序可以获得个体或者群体丰富的信息；
2.与传统测序方式相比，耗时短，成本低，通量大；
3.与芯片等杂交方法相比，数字化的数据保证结果更准确；
4.随着越来越多物种基因组序列被解读，适用范围越来越大；
5.技术成熟，结果被认可，易于产出高质量文章。
1.测序数据统计及质量评估；
2.SNP检测及在基因组中的分布；
3.InDel检测及在基因组的分布；
4.Structure Variation检测及在基因组中的分布；
5.移码突变的分布；
6.DNA水平差异基因分析；
7.遗传进化分析（多样本）；
8.单体型预测（多样本）；
9.全基因组关联分析（多样本）。
